Die Entstehungsgeschichte der Gloger-Orgel geht bis in die Renaissance zurück.
Typisch für den norddeutschen Orgelbau war, dass bei einer Neukonzeption stets älteres, gut erhaltenes Material wieder verwendet wurde. So finden sich im Otterndorfer Instrument noch Pfeifen aus dem Jahr 1553.
Die nächsten Bau- und Erweiterungsphasen erfolgten 1596 und 1659 – 1662, ausgeführt von den namhaften Orgelbauern Matthias Mahn (Buxtehude), Antonius Wilde (Otterndorf) und Hans Riege (Hamburg), die allesamt in der großen norddeutschen Orgelbautradition standen.

In den Jahren 1741/42 führte Dietrich Christoph Gloger den Neubau der Orgel aus, der heute noch in weiten Teilen erhalten ist.
Durch den Wohlstand der Otterndorfer Bürger entstand hier unter dem Stader Orgelbauer Gloger, der in der Arp Schnitger-Tradition arbeitete, die größte Barockorgel zwischen Elbe und Weser.
Von den insgesamt 46 Registern enthalten noch 23 eine historische Pfeifensubstanz, die Gloger seinerzeit übernahm.

Umbaumaßnahmen der barocken Orgel im 19. und 20. Jahrhundert, insbesondere die des Jahres 1936, veränderten das wertvolle Kirchenmusik-Instrument zu seinem Nachteil – sie fügten ihm großen Schaden zu.